京都大学除了宇治校区（理科一些研究机构设在这里）位于离校本部15公里外的宇治市外，其它的几个校区基本连在一起，从北到南的4个校区是：北校园，包含部分研究所、中心、理学部、农学部等机构；西校园，本部校区、人文科学各学部、工学部、以及学校行政机构；南校园，包含教养学部、医学部以及它们的研究设施、药学部和医院。另外，新建成的桂校区，位于京都市的西京区，主要作为大部分工学研究生的教育基地，目前局部还在建设中。