日本庆应义塾大学研究所有：语言教育研究所、新闻研究所、经济研究所、斯道文库（东亚文化研究所）、体育教育研究所、计算机教育研究所等，此外还有语言视听教育中心、电脑中心、师资培训中心、福泽谕吉研究中心（现代日本研究中心）、体育医学研究中心、电子显微镜研究室和地域研究中心